La lista de nutrientes que poseen los hongos es larga. Son una excelente fuente de ergosterol (pro-vitamina D), complejo B, selenio, cobre y más. 

Los principales compuestos medicinales son los polisacáridos con actividad biológica, estos son cadenas largas de glucosa. Los polisacáridos presentes en los hongos son extremadamente complejos y únicos. Los hongos medicinales contienen una clase de polisacáridos conocidos como β-glucanos (β 1,3/1,6 D glucanos), que poseen actividad inmunomoduladora, es decir, pueden activar o suprimir al sistema inmune.

Los metabolitos secundarios son otro tipo de compuestos químicos de interés, especialmente los terpenos, los cuales se componen de unidades de isopreno. Se ha reportado que los terpenos tienen un potencial terapéutico extremadamente diverso, siendo efectivos para combatir enfermedades microbianas, neurodegenerativas y cáncer.

Cada hongo posee compuestos medicinales específicos, por ejemplo:

Ganodema o Reishi, posee ácido ganoderico y ganoderiol, Hericium o melena de león contiene erinacinas y hericenonas. Cordyceps posee cordycepsina.

Cada molécula tiene propiedades bioactivas específicas.